¿Cómo administrar un repository para el código de arranque?

Quiero tener un repository con la base de código que usaré para la mayoría de mis proyectos, pero no estoy seguro de cómo lidiar con esto.

Todo lo que puedo pensar es clonarlo cuando empiece un nuevo proyecto, y luego eliminar la carpeta .git o .hg (y volver a crearla para el control de versiones del nuevo proyecto)

¿Hay una mejor manera? Tal vez algo con submodules? El problema es que estos files que necesito no pueden estar en una carpeta separada, son el núcleo de la aplicación, por ejemplo, una instancia de Rails.

¿Hay alguna manera recomendada de hacer esto?

La forma recomendada sería usar subrepositorys .
Esta es la solución más fácil para los files "centrales" que se necesitan en cada proyecto .

Sin embargo, un subrepository estará en una subcarpeta dentro de su repository principal.
Tu dices esto:

El problema es que estos files que necesito no pueden estar en una carpeta separada, son el núcleo de la aplicación, por ejemplo, una instancia de Rails.

… así que no estoy seguro de si los subrepositorys son una solución viable para usted.

No sé nada sobre Rails o sobre su aplicación, por lo que no puedo decir si es posible en su caso poner sus files "core" en una subcarpeta.