¿Cómo puedo gestionar files de configuration de Linux (config) en diferentes directorys en un único repository de Git en otro directory?

Supongamos que tengo 6 files diferentes en diferentes ubicaciones que quiero colocar en un repository.

Por ejemplo, tengo files como

~/bashrc /etc/php.ini /etc/apache.conf /etc/virtualhosts.conf /scripts/mybackup.sh 

Ahora quiero poner esos en mi único repository llamado My Scripts desde una location, de modo que si uso el git status y luego esos files se modifican, entonces puedo verlos desde una location. ¿Puedo usar enlaces simbólicos?

Puedes usar enlaces simbólicos. De hecho, es lo que hacen los administradores de files de puntos como la nostalgia . Es útil tener un script para generar automáticamente todos los enlaces, en caso de que quiera clonar su configuration en otro cuadro.