Compare los files con el repository principal utilizando el complemento git eclipse

Necesito replace mi file local con mi maestro. Estoy usando el plugin eclipse git.

Así que hago clic derecho en el file usando compare y hago clic en el índice con la cabeza, dice que el file no está organizado. ¿Qué es esto organizado y cómo puedo hacerlo ahora?

Mi segunda pregunta es: supongamos que quiero comparar directamente un file con el repository de origen, no mi repository maestro. ¿Puedo hacer esto usando el plugin eclipse git? Si no, ¿cómo puedo lograrlo puede ser con git bash?