Git produce "ERROR: hay inputs de índice no fusionadas"

Al hacer:

git merge some-branch 

yo obtengo

 BUG: There are unmerged index entries: BUG: 3 docfatal: Bug in merge-recursive.c 

No estoy seguro de lo que esto significa, pero parece algo más inesperado de lo habitual. ¿Qué se supone que debo hacer con esto? ¿Hay algún command de limpieza que pueda ayudarme aquí?

EDITAR

Lo que es peor, este error realmente se propaga a lo largo de una de las versiones de mi fuente. Como some-branch originalmente era solo mi trabajo local, la empujé al server remoto. Luego, cloné un nuevo repository e intenté fusionar la twig antes mencionada en esta copy y recibí el mismo post.

EDIT 2

Utilicé GIT_MERGE_VERBOSITY = 5 y obtuve:

 $> export GIT_MERGE_VERBOSITY=5; git merge origin/funkload Merging: a1ef5a2 Uaktualniony INSTALL. virtual origin/funkload found 2 common ancestor(s): d2eb442 Resources py. 119871b Nowy commit w doc. Merging: d2eb442 Resources py. 119871b Nowy commit w doc. found 1 common ancestor(s): 62f4183 Poprawiony bug w obsłudze linków do resources, które są null. Removing doc/concept/agreement.lyx Removing doc/concept/agreement.pdf Removing doc/concept/concept.lyx ... Removing druglo-doc Removing src/db/fixtures/initial.json Skipped src/druglo/backend/actions/tests/fight.py (merged same as existing) Auto-merging src/druglo/backend/characters/models/behaviours.py CONFLICT (content): Merge conflict in src/druglo/backend/characters/models/behaviours.py Auto-merging src/druglo/backend/players/models/players.py Auto-merging src/druglo/backend/worlds/resources.py CONFLICT (content): Merge conflict in src/druglo/backend/worlds/resources.py Auto-merging src/druglo/common/integrity/webservices/resources.py CONFLICT (content): Merge conflict in src/druglo/common/integrity/webservices/resources.py Removing src/druglo/frontend/cityscreen/models.py Removing src/druglo/frontend/forms.py Removing src/druglo/frontend/mainscreen/models.py Removing src/druglo/frontend/models.py CONFLICT (directory/file): There is a directory with name doc in Temporary merge branch 1. Adding doc as doc~Temporary merge branch 2 BUG: There are unmerged index entries: BUG: 3 docfatal: Bug in merge-recursive.c 

Nota: Recientemente he movido uno de mis directorys en un submodule separado. Ahora tengo muchos conflictos por eso. Parece que el error está relacionado con eso.

Ese post de error se introdujo en enero de 2010 , y para ayudar a depurar este caso, Junio ​​C. Hamano recomienda la configuration GIT_MERGE_VERBOSITY a 5:

Es posible que deseemos sugerirle al usuario que configure GIT_MERGE_VERBOSITY en 5 y vuelva a ejecutar la combinación en el post.
Al less sabremos qué parte de las funciones process_renames() o process_entry() no está manejando correctamente las routes no fusionadas, y podría ayudarnos a diagnosticar el problema.

Los informes de OP julkiewicz

 CONFLICT (directory/file): There is a directory with name doc in Temporary merge branch 1. Adding doc as doc~Temporary merge branch 2 

que permitió aislar el directory que causaba este post de error.

Acabo de eliminar el doc/ (la carpeta en conflicto) en el process de pago actual y volver a ejecutar la fusión. Tengo algunos conflictos, pero no hay errores esta vez.

Desactivar la detección de cambio de nombre funcionó para mí cuando encontré este error.

 git merge --no-ff -s recursive -X no-renames <branchToMerge>