Git Submodule Merge

Tengo un repository de git, y en una twig creé un submodule. El submodule, llamado foo, reemplaza un file llamado foo. El repository de foo contiene un file llamado barra.

Cometí mis cambios en la twig y me fusioné para dominar. No hubo conflictos, pero ahora me quedé en el estado donde dice lo siguiente:

deleted: foo new file: foo/bar 

Estoy confundido en cuanto a lo que tengo que hacer para resolver esto. Ejecutar git config -l muestra mi submodule correctamente.