Modificar un file XML al confirmar

Sé que eclipse y netbeans no admiten git hooks. ¿Hay quizás otra forma de cambiar automáticamente un XML antes de confirmar?

Puede intentar y declarar un script 'limpio' (un controller de filter de gitattribute , descrito en ProGit )

limpiar la mancha

Eso te permitiría cambiar lo que estás cometiendo.