¿Por qué es tan lento eliminar una carpeta que contiene el repository .git?

Creo que la mejor manera de eliminar un repository es primero eliminar la carpeta oculta ".git" y, si es necesario, eliminar otros files y direcciones. Pero, ¿por qué quitar todo en una vez lleva tanto time?

Básicamente, git almacena todas las revisiones de tu código, es decir, cada vez que haces un commit git copy todo el proyecto en algún lugar debajo de .git/ .

Sabiendo eso, entenderá fácilmente cómo podría ser largo eliminar esta carpeta.

Aquí hay una muy buena publicación SO sobre eso: ¿Cómo almacena git los files?