Proyecto existente de Git: la apertura con Visual Studio 2015 muestra todos los files modificados / modificados

Este era un proyecto de Visual Studio existente que tenía en mi máquina. Se inicializó a través de git bash y el primer commit y synchronization se realizó a través de la línea de command.

Al abrir el proyecto de Visual Studio en Visual Studio, todos los files se muestran como modificados.

Puedo volver a comprometer fácilmente los "cambios" y volver a sincronizar, pero me gustaría saber por qué sucede esto para poder prevenirlo en el futuro.