Usar GIT para impulsar cambios en un entorno que no obtuvo la fuente de un pago

He estado usando git en mi window para seguir un proyecto en el que estoy trabajando solo. Tuve que copyr los files a un cuadro de Linux. Hice ediciones sustanciales a la fuente en el cuadro de Linux para que funcione con algunos componentes también en el cuadro de Linux. ¿Cómo puedo "correctamente" insert la fuente recién editada en la caja de linux en el tree en github ahora?

Intenté copyr la raíz del proyecto en el cuadro de Linux a mi máquina de Windows e hice un "git add *" en el cuadro de Windows en la raíz, pero el "estado de git" hace que parezca que todos los files se verían como "nuevos ", que no quiero. ¿Cómo puedo hacer esto sin pensar que son todos files nuevos, y en su lugar, files modificados, como si hubiera realizado todas las ediciones en la máquina de Windows como en el pasado.

Aceptaría cualquier respuesta que lo haga esta vez (guión, serie de commands de git, etc.).

Además , ¿es la forma correcta de hacer esto en el futuro para realizar el pago primero en el cuadro remoto y luego realizar ediciones?

Nota: aún no he comprometido nada con el tree. Simplemente la copy antes mencionada para la máquina de Windows y luego un "git add *" en la máquina de Windows.

Si entendí bien, tienes el mismo repository git en ambas máquinas, pero son independientes. Si es así, puedes usar el parche para compartir cambios, mira aquí http://ariejan.net/2009/10/26/how-to-create-and-apply-a-patch-with-git

Otra forma podría ser, si hay una connection de networking entre las máquinas, y el acceso al "otro" repository git podría ser posible, puede simplemente hacer esos cambios. Ver http://book.git-scm.com/3_distributed_workflows.html

Si no se aplica ninguno, proporcione más información, por qué esto no funcionará.