Use git de forma no invasiva

Tengo un sistema de compilation algo desagradable que se ahogará tan pronto como encuentre cualquier file o directory inesperado. Me gustaría agregar control de versiones con git ahora sin ningún cambio en el process de compilation. (No puedo / no quiero cambiar esto en este momento).

Problema: Git también dejará algunos files / directorys en ese tree.

¿Hay alguna manera de que git almacene cualquiera de sus files externamente y no ponga nada en los directorys controlados por la versión?

sí establece la variable de entorno GIT_DIR a otro directory, luego usa GIT como es normal. Git usará el directory especificado por GIT_DIR para todos sus files de repository.