Xcode tirando del repository tiene files de cocoapod perdidos

Ayer aprendí a usar cocoapods e instalé algunas bibliotecas de otros miembros de github. Tengo un repository privado donde guardo mis cambios. Todavía no estoy familiarizado con los cocoapods y tengo un problema en el que cuando reviso mi repository, faltan las bibliotecas que instalé de los cocoapods. Si bien la pod install soluciona el problema, todavía no estoy seguro de por qué no puedo comprometer e impulsar ciertas bibliotecas a mi propio repository.

¿Estoy haciendo algo mal?

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